Loài này dễ nhầm lẫn với cá bống hoa (Acanthogobius flavimanus) là một loài thủy sản có giá trị kinh tế. Ở Việt Nam đã xảy ra hiện tượng 16 bệnh nhân trong vụ ngộ độc tập thể ở thị trấn Lăng Cô thuộc Huế mà nguyên nhân là do nhầm loài cá này với cá bống hoa. Đây là một sự nhầm lẫn chết người khi một số báo đã có những chú giải đi kèm: cá bống vân mây còn gọi là cá bống hoa, cá bống vân mây và cá bống hoa, về phương diện khoa học là hai loài khác nhau. Có thể do bề ngoài đều có các đốm trên da nên đã dẫn đến hiểu nhầm hai loài là một.